Skip to Content

Changes for page 04. Technické informace

Last modified by Branislav ŠIŠKA on 2024/09/12 19:22
From version 6.1
edited by Branislav ŠIŠKA
on 2023/06/06 14:38
Change comment: There is no comment for this version
To version 5.1
edited by Branislav ŠIŠKA
on 2023/03/21 11:19
Change comment: There is no comment for this version

Summary

Details

Page properties
Content
... ... @@ -1,12 +1,10 @@
1 1  = {{id name="04.Technickéinformace-1.Hardware"/}}1. Hardware =
2 2  
3 -(% style="" %)
4 -Software Clindata běží na počítačovém clusteru umístěném v Institutu molekulární a translační medicíny (IMTM), Lékařské a stomatologické fakulty, Univerzity Palackého v Olomouci. Zařízení je zabezpečeno a pod dohledem globálního sledování.
3 +The Clindata software runs on computer cluster located on Institute of Molecular and Translational Medicine (IMTM), Faculty of Medicine and Dentistry, Palacky University in Olomouc. The facility is secured and under global surveillance.
5 5  
6 -(% style="" %)
7 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Popishardwaru"/}}**Popis hardwaru** ===
5 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Descriptionofhardware"/}}Description of hardware ===
8 8  
9 -**Servery**
7 +**Servers**
10 10  
11 11  HPE DL385 Gen10 CTO Mod-X 8SFF Svr
12 12  
... ... @@ -16,13 +16,13 @@
16 16  
17 17  2x HPE 240GB SATA RI SFF SC DS SSD
18 18  
19 -(% style="color: rgb(55,65,81);" %)**Datová úložiště**
17 +**Data Storages**
20 20  
21 21  HP 3PAR data storage 700TB.
22 22  
23 23  HP EML tape library
24 24  
25 -(% style="color: rgb(55,65,81);" %)Objektové úložiště
23 +Object storage
26 26  
27 27  **Firewall**
28 28  
... ... @@ -32,24 +32,22 @@
32 32  
33 33  = {{id name="04.Technickéinformace-2.Software"/}}2. Software =
34 34  
35 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Požadavkynasoftware"/}}(% style="color: rgb(55,65,81);" %)Požadavky na software(%%) ===
33 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Thesoftwarerequirements"/}}The software requirements ===
36 36  
37 -(% style="color: rgb(55,65,81);" %)Jediným požadavkem pro použití softwaru Clindata je webový prohlížeč podporující standard HTML5. Seznam podporovaných prohlížečů:
35 +The only requirement for using the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software is Internet browser which supports HTML5 standard. The list of supported browsers:
38 38  
39 -* Chrome: ((% style="color: rgb(55,65,81);" %)Aktuální(%%) - 1) a a(% style="color: rgb(55,65,81);" %)ktuální
40 -* Edge: ((% style="color: rgb(55,65,81);" %)Aktuální(%%) - 1) a a(% style="color: rgb(55,65,81);" %)ktuální
41 -* Firefox: ((% style="color: rgb(55,65,81);" %)Aktuální(%%) - 1) a a(% style="color: rgb(55,65,81);" %)ktuální
37 +* Chrome: (Current - 1) and Current
38 +* Edge: (Current - 1) and Current
39 +* Firefox: (Current - 1) and Current
42 42  * Internet Explorer: 11+
43 -* Safari: ((% style="color: rgb(55,65,81);" %)Aktuální(%%) - 1) a a(% style="color: rgb(55,65,81);" %)ktuální
44 -* Opera: (% style="color: rgb(55,65,81);" %)Aktuální
41 +* Safari: (Current - 1) and Current
42 +* Opera: Current
45 45  
46 -(% style="color: rgb(55,65,81);" %)(Aktuální znamená poslední dostupná verze daného prohlížeče)
44 +(Current means the last available version of given browser)
47 47  
48 -(% style="" %)
49 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Programovacíjazyk"/}}Programovací jazyk ===
46 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Programminglanguage"/}}Programming language ===
50 50  
51 -(% style="" %)
52 -Hlavním programovacím jazykem používaným pro vývoj aplikace Clindata je Java 8. Další technologie používané při vývoji jsou:
48 +The main programming language used for development of the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) application is Java 8. Other technologies used for development are:
53 53  
54 54  * Spring Framework v5.
55 55  * HTML, CSS
... ... @@ -62,50 +62,44 @@
62 62  * SQL
63 63  * Oracle database
64 64  
65 -(% style="" %)
66 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Operačnísystém"/}}Operační systém ===
61 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Operationsystem"/}}Operation system ===
67 67  
68 -(% style="" %)
69 -Operační systém nainstalovaný na produkčních serverech je RedHat Enterprise Linux 7.4.
63 +Operation system installed on production servers is **RedHat Enterprise Linux 7.4.**
70 70  
71 -(% style="" %)
72 72  === {{id name="04.Technickéinformace-Proxyserver"/}}Proxy server ===
73 73  
74 -(% style="" %)
75 -Jako brána z vnějšího světa do vnitřní aplikace běžící na produkčním serveru se používá Apache HTTP Server.
67 +The **Apache HTTP Server** is used as gateway from outside world to internal application running in the production server.
76 76  
77 -(% style="" %)
78 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Aplikačníserver"/}}Aplikační server ===
69 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Applicationserver"/}}Application server ===
79 79  
80 -(% style="" %)
81 -Aplikace ClinData běží na Apache Tomcat, což je open-source Java Servlet Container vyvíjený nadací Apache Software Foundation.
71 +The **ClinData** application runs on **Apache Tomcat,** which is an open-source Java Servlet Container developed by the Apache Software Foundation
82 82  
83 83  **~ **
84 84  
85 -= {{id name="04.Technickéinformace-3.Databáze"/}}3. Databáze =
75 += {{id name="04.Technickéinformace-3.Database"/}}3. Database =
86 86  
87 -=== {{id name="04.Technickéinformace-DatabázeClindata"/}}Databáze Clindata ===
77 +=== {{id name="04.Technickéinformace-TheClindataDatabase"/}}The (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) Database ===
88 88  
89 -(% style="" %)
90 -Databáze používaná pro ukládání dat ze softwaru Clindata je Oracle Database (obvykle označovaná jako Oracle RDBMS), kterou vyvíjí společnost Oracle Corporation. Verze databáze je 12.1. Standard Edition.
79 +The database used for storing data from the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)**Clindata**(%%)** **software is **Oracle Database** (commonly referred to as **Oracle RDBMS**) which is produced by Oracle Corporation. Version of database is 12.1. Standard edition.
91 91  
92 -(% style="" %)
93 -Oracle databáze běží na odděleném serveru založeném na Linuxu, který je chráněn firewallem před vnější sítí (Internetem). Tento databázový server není přístupný zvenčí organizace, ale pouze ze zapsaných vnitřních serverů (aplikační a záložní servery).
81 +The Oracle database runs on separated Linux based server which si firewalled from external network (Internet) by hardware firewall. This database server is not accessible from outside of organization but only from enlisted inner servers (application and backup servers).
94 94  
95 -= {{id name="04.Technickéinformace-4.Zálohy"/}}4. Zálohy =
83 +**~ **
96 96  
97 -(% style="" %)
98 -Existují více úrovní archivace dat, které zajišťují bezpečnost dat a rychlé obnovení databáze. Data jsou archivována na úrovni databáze a operačního systému.
85 += {{id name="04.Technickéinformace-4.Backup"/}}4. Backup =
99 99  
100 -1. Zálohy na úrovni databáze
101 -Nástroj **RMAN** je nedílnou součástí Oracle databáze. Vytváří binární kopii celé databáze a ukládá ji do souborového systému. Nástroj RMAN je spuštěn každý týden. Soubory jsou uloženy interně na serveru databáze a jsou zkopírovány na dvě nezávislá záložní místa.
102 -**EXPDP/IMPDP** je datová pumpa, která exportuje data do textových záloh. Nástroj EXPDP je spuštěn každé 4 hodiny. Cílem zálohování je stejné jako u RMAN. Data jsou uložena na dvou nezávislých záložních místech.
103 -**Redo Logy** jsou každý den archivovány do souborového systému.
104 -1. Zálohy na úrovni operačního systému
105 -**IBM Tivoli Storage Manager** (TSM Admin) je firemní řešení od společnosti IBM pro zálohy a obnovu fyzických nebo virtuálních serverů. Záloha vytvořená pomocí TSM Admin zahrnuje redo logy, RMAN a EXPDP exporty. Spouští se každý den a záložní data jsou uložena na diskovém poli.
87 +There are more levels of data archiving to ensure data safety and quick database recovery. Data are archived on **database level** and **operation system level**
106 106  
107 -RMAN konfigurační soubor
89 +1. Database level backups
90 +1*. **RMAN** utility is integral part of the Oracle database. It creates binary copy of whole database and stores it to filesystem. The RMAN utility is run **every week**. The files are stored internally on database server and are copied to two independent backup sites.
91 +1*. **EXPDP/IMPDP** is data pump exporting data into text base backups. The EXPDP utility is run **every 4 hours**. The backup target is the same as with RMAN. It is stored to two independent backup sites.
92 +1*. **Redo Logs** are archived **every day** to filesystem.
93 +1. Operation system backups
108 108  
95 +* **IBM Tivoli Storage Manager** (TSM Admin) is enterprise solution from IBM for backups and recovery of physical or virtual servers. The backup created by TSM Admin includes redo logs, RMAN and EXPDP exports. It runs **every day** and the backup data is stored to disk array.
96 +
97 +RMAN configuration file
98 +
109 109  CONFIGURE RETENTION POLICY TO REDUNDANCY 1; # default
110 110  CONFIGURE BACKUP OPTIMIZATION OFF; # default
111 111  CONFIGURE DEFAULT DEVICE TYPE TO DISK; # default
... ... @@ -131,200 +131,166 @@
131 131  JOB_NAME=registry_migration
132 132  SCHEMAS=registry,registry_aud
133 133  
134 -= {{id name="04.Technickéinformace-05.Bezpečnostpřipojení"/}}05. Bezpečnost připojení =
124 += {{id name="04.Technickéinformace-05.Secureconnection"/}}05. Secure connection =
135 135  
136 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Zabezpečenépřipojení"/}}Zabezpečené připojení ===
126 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Security"/}}Security ===
137 137  
138 -(% style="" %)
139 -Jelikož aplikace Clindata je webová aplikace, je nezbytné zajistit zabezpečenou komunikaci mezi serverem a klientovým počítačem. To je dosaženo pomocí komunikačního protokolu HTTPS, který je šifrován pomocí protokolu Transport Layer Security (TLS). Tento protokol je široce používán pro veškeré bezpečné transakce na internetu (platby, e-maily atd.) a je považován za bezpečný a nedekódovatelný. Chrání proti útokům prostředníka. Komunikace bez bezpečnostní vrstvy (HTTP) může být narušena útočníky, kteří ji mohou odposlouchávat nebo měnit.
128 +As the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)**Clindata**(%%)** **application is **web-based** application there is need to **secure communication** between **server** and **client's computer**. It is done by using **HTTPS** communication protocol which is encrypted using Transport Layer Security **(TLS).** This protocol is widely used for all secure transactions on the Internet (payment, emails etc.) and is considered as safe and unbreakable. It protects against man in-the middle attacks. Communication without the security layer (HTTP) is can be interfered by attackers, they can listen to it or change it.
140 140  
141 -(% style="" %)
142 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Přesměrovánízabezpečení"/}}Přesměrování zabezpečení ===
130 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Securityredirection"/}}Security redirection ===
143 143  
144 -(% style="" %)
145 -Všechny požadavky uživatele přicházející prostřednictvím nezabezpečeného protokolu HTTP jsou automaticky přesměrovány na zabezpečený protokol HTTPS. Veškerá komunikace mezi klientem a serverem je zabezpečena a není možné se připojit k softwaru Clindata prostřednictvím nezabezpečeného spojení.
132 +All user requests coming via unsecured **HTTP** protocol are automatically **redirected** to secure **HTTPS** protocol. All communication between client and server is secured and there is no way how to connect to the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software via unsecured connection.
146 146  
147 -(% style="" %)
148 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Certifikát"/}}Certifikát ===
134 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Certificate"/}}Certificate ===
149 149  
150 -(% style="" %)
151 -Pro zabezpečenou komunikaci je vyžadován certifikát uložený na webovém serveru. Certifikát musí být podepsán důvěryhodnou certifikační autoritou. Server Clindata používá certifikát, který je digitálně podepsán autoritou TERENA.
136 +The secured communication requires a certificate stored on the web server. The certificate must be signed by **trusted certificate authority**. The (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) server uses the certificate digitally signed by **TERENA** authority.
152 152  
153 -= {{id name="04.Technickéinformace-06.Autenzizaceaautorizace"/}}06. Autenzizace a autorizace =
138 +**~ **
154 154  
155 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Správauživatelů"/}}Správa uživatelů ===
140 += {{id name="04.Technickéinformace-06.Authenticationandauthorization"/}}06. Authentication and authorization =
156 156  
157 -(% style="" %)
158 -Všichni uživatelé používající aplikaci Clindata musí být registrováni před přihlášením. Není možné získat neoprávněný přístup k serveru ani pro demonstrační účely. Existuje specializovaná aplikace pro správu uživatelů - nástroj IMTM Admin.
142 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Usersadministration"/}}Users administration ===
159 159  
160 -(% style="" %)
161 -Nástroj Admin je zodpovědný za:
144 +All user using the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) application must be registered before they can log in. There is no possibility to get unauthorized access to the server even for some demonstration purposes. There is a specialized application for user management - IMTM Admin tool.
162 162  
163 -* Správu institucí, společností, nemocnic a jejich oddělení. Může existovat neomezený počet úrovní organizací, například univerzita může mít strukturu univerzita-fakulta-oddělení-laboratoř. Každá úroveň organizace může získat odlišnou sadu oprávnění a rolí. Správa uživatelů. Každý uživatel je identifikován e-mailovou adresou jako přihlašovacím jménem a heslem.
164 -* Uživatelé jsou přiřazeni ke svým organizacím. Uživatelé mohou pracovat na více projektech s různými rolemi. To je umožněno pomocí uživatelských profilů. Počet profilů pro jednoho uživatele není omezen. Každý profil může mít odlišnou sadu oprávnění a rolí.
165 -* Správa rolí a profilů.
146 +The **Admin tool** is responsible for:
166 166  
167 -(% style="" %)
168 -Databáze Admin s uživatelskými údaji je uložena v Oracle databázi jako samostatné schéma. Přístup k tomuto schématu je omezen pouze pro správce. Server s Oracle databází je oddělen firewallem od veřejné sítě a není přístupný z internetu.
148 +* Management of **institutions, companies, hospitals** and their departments. There can be unlimited number of organization levels, for example a university can have such structure university-faculty-department-laboratory. Each organization level can obtain different set of privileges and roles.
149 +* Management of **users**. Every user is identified by email address as login and password. Users are assigned to their organizations. Users can work on more projects with different roles. It is allowed by** user profiles**. Number of profiles for a user is not limited. Each profile can have different set of **privileges and roles**.
150 +* Management **roles and profiles**.
169 169  
170 -(% style="" %)
171 -Nový účet uživatele může být vytvořen pouze administrátorem. Uživatel nemá možnost vytvořit si účet sám.
152 +The Admin database with user's data is stored in the Oracle database as separated schema. Access to this schema is restricted only for admin users. The server with the Oracle database is firewalled out of public network and not accessible from Internet.
172 172  
173 -(% style="" %)
174 -Následující kroky musí být dodrženy při vytváření nového účtu:
154 +An account for new user can be created **only by administrator**. There is no way that user could create his account on its own.
175 175  
176 -* Nový uživatel požádá vlastníka projektu o vytvoření nového účtu.
177 -* Vlastník projektu požádá administrátora o vytvoření nového účtu s určenými oprávněními a rolími.
178 -* Administrátor vytvoří nový účet a nastaví požadovaná oprávnění a role.
179 -* Vlastník projektu zkontroluje nastavení účtu a schválí ho.
180 -* Nový uživatel obdrží přihlašovací údaje a může se přihlásit.
156 +These steps must be followed to **create new account**:
181 181  
182 -(% style="" %)
183 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Centrálníautentizačníslužba(CAS)"/}}Centrální autentizační služba (CAS) ===
158 +* New user asks a project owner to create new account
159 +* The project owner asks administrator to create new account with specified privileges and roles
160 +* The administrator creates new account and sets required privileges and roles
161 +* The project owner checks account setting and approve it.
162 +* New user receives his credentials and can log in.
184 184  
185 -(% style="" %)
186 -Aplikace Clindata musí být propojena s daty z IMTM Admin k ovládání účtů, rolí a oprávnění. To se provádí integrací technologie CAS do softwaru ClinData. Technologie CAS se skládá z CAS serveru a CAS klienta. CAS server je zodpovědný za ověřování uživatelů a poskytování přístupu k aplikacím. CAS klienti chrání aplikace CAS a získávají identitu povolených uživatelů ze serveru CAS.
164 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Centralauthenticationservice(CAS)"/}}Central authentication service (CAS) ===
187 187  
188 -= {{id name="04.Technickéinformace-07.Roleaoprávnění"/}}07. Role a oprávnění =
166 +The (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) application must be connected with data from the IMTM Admin to control accounts, roles and privileges. It is done by integrating of the CAS technology into the ClinData software. The CAS technology consists of CAS Server and CAS Client.
189 189  
190 -(% style="" %)
191 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Omezenípřístupu"/}}Omezení přístupu ===
168 +The CAS server is responsible for authenticating users and granting accesses to applications. The CAS clients protect the CAS applications and retrieve the identity of the granted users from the CAS server.
192 192  
193 -(% style="" %)
194 -Přístup uživatele může být omezen ve dvou různých oblastech:
170 += {{id name="04.Technickéinformace-07.PrivilegesandRoles"/}}07. Privileges and Roles =
195 195  
196 -* omezení přístupu k funkcionalitě ClinData
197 -* omezení přístupu k datům uloženým v softwaru ClinData
172 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Accessrestrictions"/}}**Access restrictions** ===
198 198  
199 -(% style="" %)
200 -Veškerá omezení jsou nastavena v nástroji IMTM Admin.
174 +A user access can be restricted in two different areas:
201 201  
202 -(% style="" %)
203 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Omezenífunkcí"/}}Omezení funkcí ===
176 +* restriction in **access to** ClinData **functionality**
177 +* restriction in **access to data** stored in the ClinData software
204 204  
205 -(% style="" %)
206 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Oprávnění"/}}Oprávnění ===
179 +All restriction is set in the **IMTM Admin tool**.
207 207  
208 -(% style="" %)
209 -Oprávnění k přístupu určují, ke kterým objektům v ClinData může uživatel prohlížet nebo je upravovat. Každá funkcionalita v softwaru ClinData je odrážena v odpovídajícím oprávnění, takže přístup ke všem funkcím je kontrolován. Každý uživatel nebo skupina uživatelů může mít přístup k přiděleným nebo omezeným oprávněním.
181 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Functionalityrestrictions"/}}Functionality restrictions ===
210 210  
211 -(% style="" %)
212 -Na obrázku je zobrazeno schéma oprávnění v softwaru ClinData.
183 +**Privileges**
213 213  
214 -(% style="" %)
215 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Role"/}}Role ===
185 +Access privileges determine which (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) objects a user can browse or edit. Each functionality in the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software is reflected in corresponding privilege so the access to everything is controlled. Any user or group of users can have access to any privilege granted or restricted.
216 216  
217 -(% style="" %)
218 -Role jsou virtuální entity, které slouží jako kontejnery pro více oprávnění.
187 +The picture shows schema of privileges in the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software.
219 219  
220 -(% style="" %)
221 -Existují předdefinované role a uživatelé nebo skupiny uživatelů mohou být jim přiřazeny. Nejčastěji používané role jsou:
189 +**Roles**
222 222  
223 -* admin systému ClinData - plný přístup ke všem funkcím v ClinData, žádná omezení, vytváření nových projektů
224 -* projekt admin systému ClinData - plný přístup ke všem funkcím ve vybraném projektu včetně tvorby studií
225 -* manažer dat projektu ClinData - přístup ke všem funkcím potřebným pro vkládání nebo aktualizaci dat pacienta
226 -* monitor dat projektu ClinData - přístup ke všem funkcím potřebným pro sledování studie, validaci a dokončení CRFs (formuláře pro sběr dat)
227 -* prohlížeč dat projektu ClinData - pouze čtení vybraných dat
191 +Roles are virtual entities which serve as container for more privileges.
228 228  
229 -(% style="" %)
230 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Omezenídat"/}}Omezení dat ===
193 +There are predefined roles and users, or groups of users can be assigned to them. The most frequently used roles are:
231 231  
232 -(% style="" %)
233 -Výchozí nastavení pro přístup k datům v softwaru ClinData je maximálně omezené. Uživatel vidí pouze data, která sám vložil. Výchozí nastavení neumožňuje vidět žádná data vložená jiným uživatelem. Přístup k ostatním datům musí být explicitně povolen.
195 +* ClinData system admin - full access to all functions in ClinData, no restrictions, creating new project
196 +* ClinData project admin - full access to all function in selected project including study designer
197 +* ClinData project data manager - access to all functions needed to insert new/update patient’s data.
198 +* ClinData project data monitor - access to all functions needed for study monitoring, validation and finishing CRFs.
199 +* ClinData project data browser - read only access to selected data.
234 234  
235 -(% style="" %)
236 -Tato nastavení lze upravit:
201 +\\
237 237  
238 -* uživatel vidí pouze svá data
239 -* uživatel vidí data vložená jiným uživatelem nebo skupinou uživatelů
240 -* uživatel vidí data spojená s organizací
241 -* uživatel vidí všechna data ve studii
203 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Datarestrictions"/}}Data restrictions ===
242 242  
243 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Osobníúdaje"/}}Osobní údaje ===
205 +Default setting for accessing of data in the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software is maximally restricted. A user can see only data he inserted himself. By default, he doesn't see any data inserted by any other user. Access to any other data must be explicitly permitted.
244 244  
245 -(% style="" %)
246 -Studie nebo registry mohou obsahovat osobní údaje. Přístup k těmto údajům může být omezen pomocí speciálního oprávnění.
207 +These options can be set:
247 247  
248 -(% style="" %)
249 -Tato nastavení lze upravit:
209 +* user can see only his data
210 +* user can see data inserted by other user or group of users
211 +* user can see data linked with an organization
212 +* user can see all data in a study
250 250  
251 -* uživatel vidí osobní údaje
252 -* uživatel nevidí osobní údaje
214 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Personaldata"/}}Personal data ===
253 253  
254 -= {{id name="04.Technickéinformace-8.Logování"/}}8. Logování =
216 +There can be studies or registers which contain personal data. Access to this data can be restricted by special privilege.
255 255  
256 -(% style="" %)
257 -Systém ClinData zaznamenává všechny události, které se v systému odehrávají. Administrátor může tyto záznamy procházet v uživatelsky přívětivé formě a analyzovat potenciální problémy, sledovat aktivity uživatelů atd.
218 +These options can be set:
258 258  
259 -(% style="" %)
260 -Existují tři různé typy mechanismů pro zaznamenávání událostí:
220 +* user can see personal data
221 +* user can't see personal data
261 261  
262 -* Záznamy softwaru se provádějí na úrovni programovacího jazyka a jsou velmi podrobné. Soubory se záznamy obsahují údaje o vnitřním stavu celého systému v době události. Tento přístup slouží pro podrobnou analýzu problémů, které se v minulosti vyskytly.
263 -* Záznamy přístupu jsou určeny k řízení činnosti uživatelů. Záznam o přístupu obsahuje údaje o tom, kdo provedl akci a kdy. Zaznamenává veškeré akce provedené na objektech v systému. Objektem může být studie, pacient, formulář CRF, soubor. Zaznamenávají se následující akce:
264 -** vytvoření
265 -** otevření
266 -** změna
267 -** přidání
268 -** odebrání
269 -** smazání
223 +\\
224 +
225 += {{id name="04.Technickéinformace-8.Logging"/}}8. Logging =
226 +
227 +The ClinData software **records everything** happening in the system. Admin user can browse these records in user friendly way and analyze potential problems, watch user activities etc.
228 +
229 +There are three different types of logging mechanisms:
230 +
231 +* **Software logging** is done on programming language level and is very detailed. The log files contain data about internal state of the whole system in time of logging event. This approach is designed for detailed analyses of problems which happened in past.
232 +* **Access logging** is designed for controlling of user’s activities. The access record contains data about who did an action and when. It logs all actions done on all objects in the system. Object can be study, patient, CRF form, file. These actions are logged:
233 +** create
234 +** open
235 +** change
236 +** add
237 +** remove
238 +** delete
270 270  ** export
271 -* Audit je zaměřený na změny provedené ve formulářích CRF. Zaznamenává kompletní historii toho, co bylo uživateli změněno. Jeden záznam obsahuje údaje o:
272 -** kdy byla změna provedena
273 -** kdo změnil data
274 -** co bylo změněno
275 -** jaká je nová hodnota
240 +* **Auditing** is focused to changes done in CRF forms. It records complete history of what was changed by users. One record contains data about:
241 +** when the change was done
242 +** who changed the data
243 +** what was changed
244 +** what is the new value
276 276  
277 -(% style="" %)
278 -Důležitou informací je, že systém ClinData neodstraňuje žádné záznamy. Každý záznam v databázi má systémový příznak AKTIVNÍ. Smazání řádku pouze nastaví tento příznak AKTIVNÍ na hodnotu false. Neaktivní řádky se nezobrazují ve softwaru ClinData, ale stále jsou uloženy v databázi.
246 +The important information is that the ClinData software** doesn't delete any record**. Every record in the database has system **flag ACTIVE**. Deleting of the row just sets this **ACTIVE** flag to **false**. The inactive rows are not displayed in the ClinData software but are still stored in the database.
279 279  
280 -= {{id name="04.Technickéinformace-9.Vývojsoftwaru"/}}9. Vývoj softwaru =
248 +**~ **
281 281  
282 -(% style="" %)
283 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Sledováníproblémů"/}}Sledování problémů ===
250 += {{id name="04.Technickéinformace-9.Softwaredevelopment"/}}9. Software development =
284 284  
285 -(% style="" %)
286 -Jakýkoli problém nalezený ve softwaru ClinData je zdokumentován a vytvořen jako nový problém v softwaru JIRA. JIRA software je vyvíjen společností Atlassian a slouží jako nástroj pro sledování problémů. Nový problém je analyzován a je mu přiřazena priorita. Seznam problémů je řazen podle priorit a zpracováván vývojáři. Pokud je závažný problém opraven, je publikován ve nové verzi softwaru ClinData. Problém je také uzavřen jako vyřešený v JIRA.
252 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Issuetracking"/}}Issue tracking ===
287 287  
288 -(% style="" %)
289 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Správazměn"/}}Správa změn ===
254 +Any problem found in the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software is documented and created as a **new issue in JIRA software**. JIRA software is developed by Atlassian and is an issue tracking tool. The new issue is analyzed, and priority is assigned.  The list of issues is sorted by priorities and processed by developers. When a serious problem is fixed then it is published in new version of the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software. The issue is also closed as done in JIRA.
290 290  
291 -(% style="" %)
292 -Všechny požadavky na změny plánované ve softwaru ClinData jsou uloženy v JIRA. Když přichází nový požadavek, je analyzován, provedena časová odhad a přiřazena priorita. Seznam problémů je řazen podle priorit a zpracováván vývojáři.
256 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Changesmanagement"/}}Changes management ===
293 293  
294 -(% style="" %)
295 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Verzování"/}}Verzování ===
258 +All requests for changes planned in the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software are stored in JIRA. When a new request is coming then it is analyzed, time estimation is done, and priority assigned. The list of issues is sorted by priorities and processed by developers.
296 296  
297 -(% style="" %)
298 -Zdrojový kód softwaru ClinData je uložen v repozitáři GIT, který umožňuje sledování změn v souborech. Je možné procházet historii libovolného souboru se zdrojovým kódem v repozitáři. Každá změna je také zdokumentována, aby bylo snadné pochopit vývojový cyklus.
260 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Versioning"/}}Versioning ===
299 299  
300 -(% style="" %)
301 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Revizekódu"/}}Revize kódu ===
262 +The source code of the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software is stored in** GIT repository** which allows tracking of changes in files. There is possibility to browse history of any source code file in the repository. Every change is also documented so it is easy to understand the development cycle.
302 302  
303 -(% style="" %)
304 -Jakákoliv změna provedená ve zdrojovém kódu softwaru ClinData musí být zkontrolována jiným vývojářem. Tento proces se nazývá revize kódu. Tento proces minimalizuje počet chyb ve zdrojovém kódu, protože vše je dvojnásobně zkontrolováno. Pro revize kódu se používá software Bitbucket (vyvinutý společností Atlassian). Tento software brání vývojářům v používání neprokázaného kódu ve veřejných verzích softwaru ClinData.
264 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Codereview"/}}Code review ===
305 305  
306 -= {{id name="04.Technickéinformace-10.Zajišteníkvality"/}}10. Zajištení kvality =
266 +Any change done in source code of the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software must be **reviewed** by another developer. This process is called **code review**. This process minimizes number of bugs in source code because everything is double checked. **Bitbucket software** (developed by Atlassian) is used for code reviews. It prevents developers from using not proven code in public versions of the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software.
307 307  
308 -(% style="" %)
309 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Testovacíprostředí"/}}Testovací prostředí ===
268 +**~ **
310 310  
311 -(% style="" %)
312 -Všechny nové verze softwaru ClinData musí být otestovány a ověřeny jako funkční a správné před jejich zveřejněním. Existuje zvláštní prostředí, které se používá k testování nové verze před jejím zveřejněním. Testovací prostředí musí být podobné produkčnímu prostředí, aby se předešlo problémům s konfigurací.
270 += {{id name="04.Technickéinformace-10.Qualityassurance"/}}10. Quality assurance =
313 313  
314 -(% style="" %)
315 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Unittestování"/}}Unit testování ===
272 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Testingenvironment"/}}Testing environment ===
316 316  
317 -(% style="" %)
318 -Unit testování je metoda testování softwaru, při které jsou testovány jednotlivé části zdrojového kódu, aby se zjistilo, zda jsou vhodné k použití. Ve zdrojovém kódu softwaru ClinData existuje více než tisíc unit testů. Všechny kritické části zdrojového kódu jsou pokryty unit testem téměř na 100 %. Celkový zdrojový kód je pokryt unit testem více než 85 %. Jakýkoli problém v unit testování je blokující pro zveřejnění verze softwaru.
274 +All new versions of the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software must be tested and proven as functional and correct before they are published. There is a special environment which is used form testing of the new version before it is published. The testing environment must be similar to production environment to avoid configuration issues.
319 319  
320 -(% style="" %)
321 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Testováníaplikace"/}}Testování aplikace ===
276 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Unittesting"/}}Unit testing ===
322 322  
323 -(% style="" %)
324 -Celá aplikace je testována prostřednictvím průzkumného testování aplikace před jejím zveřejněním. Testování aplikace se provádí v testovacím prostředí. Jakýkoli problém při testování aplikace je blokující pro zveřejnění verze.
278 +Unit testing is a software testing method by which individual units of source code are tested to determine whether they are fit for use. There are actually more than one thousand-unit tests in the source code of the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software. All critical parts of the source code are covered by unit test close to 100%. Overall source code is covered by unit test by more than 85%. Any problem in unit testing is blocker for publishing of the version of the software.
325 325  
326 -(% style="" %)
327 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Zveřejnění"/}}Zveřejnění ===
280 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Applicationtesting"/}}Application testing ===
328 328  
329 -(% style="" %)
330 -Proces zveřejnění znamená, že nová verze softwaru ClinData je uvolněna a zpřístupněna uživatelům. Pro sestavení a zveřejnění nových verzí se používá software Bamboo (vyvinutý společností Atlassian). Jednotkové testování je také součástí procesu zveřejnění nové verze. V případě jakéhokoli problému v jednotkovém testování je celý proces zveřejnění přerušen a zodpovědným osobám je zasláno oznámení emailem.
282 +The whole application is tested by application exploratory testing before it is published. The application testing is done in testing environment. Any problem in application testing is blocker for publishing of the version.
283 +
284 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Publishing"/}}Publishing ===
285 +
286 +Publishing process means that a new version of the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software is being released and made accessible for users. The Bamboo software (developed by Atlassian) is used for building and publishing new versions. Unit testing is also involved in publishing of the new version. In case of any problem in any unit test the whole publishing, process is interrupted, and an notification email is sent to responsible persons.
Confluence.Code.ConfluencePageClass[0]
Id
... ... @@ -1,1 +1,1 @@
1 -153059345
1 +106791121