Skip to Content

Changes for page 04. Technické informace

Last modified by Branislav ŠIŠKA on 2024/09/12 19:22
From version 2.1
edited by Branislav ŠIŠKA
on 2022/02/25 15:09
Change comment: There is no comment for this version
To version 8.1
edited by Branislav ŠIŠKA
on 2024/09/12 19:03
Change comment: There is no comment for this version

Summary

Details

Page properties
Title
... ... @@ -1,1 +1,1 @@
1 -Technické informace a validace systému
1 +04. Technické informace
Content
... ... @@ -1,72 +2,44 @@
1 -(% style="" %)
2 2  = {{id name="04.Technickéinformace-1.Hardware"/}}1. Hardware =
3 3  
4 -(% style="" %)
5 -The Clindata software runs on computer cluster located on Institute of Molecular and Translational Medicine (IMTM), Faculty of Medicine and Dentistry, Palacky University in Olomouc. The facility is secured and under global surveillance.
3 +Software Clindata běží na serverech umístěných v Institutu molekulární a translační medicíny (IMTM), Lékařské a stomatologické fakulty, Univerzity Palackého v Olomouci. Zařízení je zabezpečeno a pod dohledem globálního sledování.
6 6  
7 -(% style="" %)
8 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Descriptionofhardware"/}}Description of hardware ===
5 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Popishardwaru"/}}**Popis hardwaru** ===
9 9  
10 -(% style="" %)
11 -**Servers**
7 +**Server zapojený ve virtualizaci proxmox**
12 12  
13 -(% style="" %)
14 -Blade chassis - BM Flex System Enterprise Chassis
9 +Paměť: 48 GB
15 15  
16 -(% style="" %)
17 -14x Compute node IBM Flex System x240 with 10 GB virtual fabric
11 +Procesory: 8 jader
18 18  
19 -(% style="" %)
20 -2x CPU Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2650 0 @ 2.00GHz / 8C
13 +(% style="color: rgb(55,65,81);" %)**Datová úložiště**
21 21  
22 -(% style="" %)
23 -6x DDRIII SDRAM – 8GB
15 +(% style="color: rgb(55,65,81);" %)Objektové úložiště
24 24  
25 -(% style="" %)
26 -**Data Storages**
27 -
28 -(% style="" %)
29 -HP 3PAR data storage 700TB.
30 -
31 -(% style="" %)
32 -HP EML tape library
33 -
34 -(% style="" %)
35 35  **Firewall**
36 36  
37 -(% style="" %)
38 -HP F1000-S-EI VPN Firewall
19 +FortiGate 600E
39 39  
40 -(% style="" %)
41 41  **~ **
42 42  
43 -(% style="" %)
44 44  = {{id name="04.Technickéinformace-2.Software"/}}2. Software =
45 45  
46 -(% style="" %)
47 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Thesoftwarerequirements"/}}The software requirements ===
25 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Požadavkynasoftware"/}}(% style="color: rgb(55,65,81);" %)Požadavky na software(%%) ===
48 48  
49 -(% style="" %)
50 -The only requirement for using the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software is Internet browser which supports HTML5 standard. The list of supported browsers:
27 +(% style="color: rgb(55,65,81);" %)Jediným požadavkem pro použití softwaru Clindata je webový prohlížeč podporující standard HTML5. Seznam podporovaných prohlížečů:
51 51  
52 -(% style="" %)
53 -* Chrome: (Current - 1) and Current
54 -* Edge: (Current - 1) and Current
55 -* Firefox: (Current - 1) and Current
29 +* Chrome: ((% style="color: rgb(55,65,81);" %)Aktuální(%%) - 1) a a(% style="color: rgb(55,65,81);" %)ktuální
30 +* Edge: ((% style="color: rgb(55,65,81);" %)Aktuální(%%) - 1) a a(% style="color: rgb(55,65,81);" %)ktuální
31 +* Firefox: ((% style="color: rgb(55,65,81);" %)Aktuální(%%) - 1) a a(% style="color: rgb(55,65,81);" %)ktuální
56 56  * Internet Explorer: 11+
57 -* Safari: (Current - 1) and Current
58 -* Opera: Current
33 +* Safari: ((% style="color: rgb(55,65,81);" %)Aktuální(%%) - 1) a a(% style="color: rgb(55,65,81);" %)ktuální
34 +* Opera: (% style="color: rgb(55,65,81);" %)Aktuální
59 59  
60 -(% style="" %)
61 -(Current means the last available version of given browser)
36 +(% style="color: rgb(55,65,81);" %)(Aktuální znamená poslední dostupná verze daného prohlížeče)
62 62  
63 -(% style="" %)
64 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Programminglanguage"/}}Programming language ===
38 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Programovacíjazyk"/}}Programovací jazyk ===
65 65  
66 -(% style="" %)
67 -The main programming language used for development of the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) application is Java 8. Other technologies used for development are:
40 +Hlavním programovacím jazykem používaným pro vývoj aplikace Clindata je Java 8. Další technologie používané při vývoji jsou:
68 68  
69 -(% style="" %)
70 70  * Spring Framework v5.
71 71  * HTML, CSS
72 72  * JavaScript
... ... @@ -78,62 +78,41 @@
78 78  * SQL
79 79  * Oracle database
80 80  
81 -(% style="" %)
82 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Operationsystem"/}}Operation system ===
53 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Operačnísystém"/}}Operační systém ===
83 83  
84 -(% style="" %)
85 -Operation system installed on production servers is **RedHat Enterprise Linux 7.4.**
55 +Operační systém nainstalovaný na produkčních serverech je RedHat Enterprise Linux 9.4.
86 86  
87 -(% style="" %)
88 88  === {{id name="04.Technickéinformace-Proxyserver"/}}Proxy server ===
89 89  
90 -(% style="" %)
91 -The **Apache HTTP Server** is used as gateway from outside world to internal application running in the production server.
59 +Jako brána z vnějšího světa do vnitřní aplikace běžící na produkčním serveru se používá Apache HTTP Server.
92 92  
93 -(% style="" %)
94 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Applicationserver"/}}Application server ===
61 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Aplikačníserver"/}}Aplikační server ===
95 95  
96 -(% style="" %)
97 -The **ClinData** application runs on **Apache Tomcat,** which is an open-source Java Servlet Container developed by the Apache Software Foundation
63 +Aplikace ClinData běží na Apache Tomcat, což je open-source Java Servlet Container vyvíjený nadací Apache Software Foundation.
98 98  
99 -(% style="" %)
100 100  **~ **
101 101  
102 -(% style="" %)
103 -= {{id name="04.Technickéinformace-3.Database"/}}3. Database =
67 += {{id name="04.Technickéinformace-3.Databáze"/}}3. Databáze =
104 104  
105 -(% style="" %)
106 -=== {{id name="04.Technickéinformace-TheClindataDatabase"/}}The (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) Database ===
69 +=== {{id name="04.Technickéinformace-DatabázeClindata"/}}Databáze Clindata ===
107 107  
108 -(% style="" %)
109 -The database used for storing data from the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)**Clindata**(%%)** **software is **Oracle Database** (commonly referred to as **Oracle RDBMS**) which is produced by Oracle Corporation. Version of database is 12.1. Standard edition.
71 +Databáze používaná pro ukládání dat ze softwaru Clindata je Oracle Database (obvykle označovaná jako Oracle RDBMS), kterou vyvíjí společnost Oracle Corporation. Verze databáze je 12.1. Standard Edition.
110 110  
111 -(% style="" %)
112 -The Oracle database runs on separated Linux based server which si firewalled from external network (Internet) by hardware firewall. This database server is not accessible from outside of organization but only from enlisted inner servers (application and backup servers).
73 +Oracle databáze běží na odděleném serveru založeném na Linuxu, který je chráněn firewallem před vnější sítí (Internetem). Tento databázový server není přístupný zvenčí organizace, ale pouze ze zapsaných vnitřních serverů (aplikační a záložní servery).
113 113  
114 -(% style="" %)
115 -**~ **
75 += {{id name="04.Technickéinformace-4.Zálohy"/}}4. Zálohy =
116 116  
117 -(% style="" %)
118 -= {{id name="04.Technickéinformace-4.Backup"/}}4. Backup =
77 +Existují více úrovní archivace dat, které zajišťují bezpečnost dat a rychlé obnovení databáze. Data jsou archivována na úrovni databáze a operačního systému.
119 119  
120 -(% style="" %)
121 -There are more levels of data archiving to ensure data safety and quick database recovery. Data are archived on **database level** and **operation system level**
79 +1. Zálohy na úrovni databáze
80 +Nástroj **RMAN** je nedílnou součástí Oracle databáze. Vytváří binární kopii celé databáze a ukládá ji do souborového systému. Nástroj RMAN je spuštěn každý týden. Soubory jsou uloženy interně na serveru databáze a jsou zkopírovány na dvě nezávislá záložní místa.
81 +**EXPDP/IMPDP** je datová pumpa, která exportuje data do textových záloh. Nástroj EXPDP je spuštěn každé 4 hodiny. Cílem zálohování je stejné jako u RMAN. Data jsou uložena na dvou nezávislých záložních místech.
82 +**Redo Logy** jsou každý den archivovány do souborového systému.
83 +1. Zálohy na úrovni operačního systému
84 +**IBM Tivoli Storage Manager** (TSM Admin) je firemní řešení od společnosti IBM pro zálohy a obnovu fyzických nebo virtuálních serverů. Záloha vytvořená pomocí TSM Admin zahrnuje redo logy, RMAN a EXPDP exporty. Spouští se každý den a záložní data jsou uložena na diskovém poli.
122 122  
123 -(% style="" %)
124 -1. Database level backups
125 -1*. **RMAN** utility is integral part of the Oracle database. It creates binary copy of whole database and stores it to filesystem. The RMAN utility is run **every week**. The files are stored internally on database server and are copied to two independent backup sites.
126 -1*. **EXPDP/IMPDP** is data pump exporting data into text base backups. The EXPDP utility is run **every 4 hours**. The backup target is the same as with RMAN. It is stored to two independent backup sites.
127 -1*. **Redo Logs** are archived **every day** to filesystem.
128 -1. Operation system backups
86 +RMAN konfigurační soubor
129 129  
130 -(% style="" %)
131 -* **IBM Tivoli Storage Manager** (TSM Admin) is enterprise solution from IBM for backups and recovery of physical or virtual servers. The backup created by TSM Admin includes redo logs, RMAN and EXPDP exports. It runs **every day** and the backup data is stored to disk array.
132 -
133 -(% style="" %)
134 -RMAN configuration file
135 -
136 -(% style="" %)
137 137  CONFIGURE RETENTION POLICY TO REDUNDANCY 1; # default
138 138  CONFIGURE BACKUP OPTIMIZATION OFF; # default
139 139  CONFIGURE DEFAULT DEVICE TYPE TO DISK; # default
... ... @@ -149,10 +149,8 @@
149 149  CONFIGURE ARCHIVELOG DELETION POLICY TO NONE; # default
150 150  CONFIGURE SNAPSHOT CONTROLFILE NAME TO '/../../oracle/12c/dbs/snapcf_imtm.f'; # default
151 151  
152 -(% style="" %)
153 153  EXPDP configuration file
154 154  
155 -(% style="" %)
156 156  DIRECTORY=dtpump
157 157  DUMPFILE=registry.dmp
158 158  LOGFILE=registry.log
... ... @@ -161,234 +161,154 @@
161 161  JOB_NAME=registry_migration
162 162  SCHEMAS=registry,registry_aud
163 163  
164 -(% style="" %)
165 -= {{id name="04.Technickéinformace-05.Secureconnection"/}}05. Secure connection =
113 += {{id name="04.Technickéinformace-05.Bezpečnostpřipojení"/}}05. Bezpečnost připojení =
166 166  
167 -(% style="" %)
168 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Security"/}}Security ===
115 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Zabezpečenépřipojení"/}}Zabezpečené připojení ===
169 169  
170 -(% style="" %)
171 -As the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)**Clindata**(%%)** **application is **web-based** application there is need to **secure communication** between **server** and **client's computer**. It is done by using **HTTPS** communication protocol which is encrypted using Transport Layer Security **(TLS).** This protocol is widely used for all secure transactions on the Internet (payment, emails etc.) and is considered as safe and unbreakable. It protects against man in-the middle attacks. Communication without the security layer (HTTP) is can be interfered by attackers, they can listen to it or change it.
117 +Jelikož aplikace Clindata je webová aplikace, je nezbytné zajistit zabezpečenou komunikaci mezi serverem a klientovým počítačem. To je dosaženo pomocí komunikačního protokolu HTTPS, který je šifrován pomocí protokolu Transport Layer Security (TLS). Tento protokol je široce používán pro veškeré bezpečné transakce na internetu (platby, e-maily atd.) a je považován za bezpečný a nedekódovatelný. Chrání proti útokům prostředníka. Komunikace bez bezpečnostní vrstvy (HTTP) může být narušena útočníky, kteří ji mohou odposlouchávat nebo měnit.
172 172  
173 -(% style="" %)
174 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Securityredirection"/}}Security redirection ===
119 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Přesměrovánízabezpečení"/}}Přesměrování zabezpečení ===
175 175  
176 -(% style="" %)
177 -All user requests coming via unsecured **HTTP** protocol are automatically **redirected** to secure **HTTPS** protocol. All communication between client and server is secured and there is no way how to connect to the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software via unsecured connection.
121 +Všechny požadavky uživatele přicházející prostřednictvím nezabezpečeného protokolu HTTP jsou automaticky přesměrovány na zabezpečený protokol HTTPS. Veškerá komunikace mezi klientem a serverem je zabezpečena a není možné se připojit k softwaru Clindata prostřednictvím nezabezpečeného spojení.
178 178  
179 -(% style="" %)
180 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Certificate"/}}Certificate ===
123 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Certifikát"/}}Certifikát ===
181 181  
182 -(% style="" %)
183 -The secured communication requires a certificate stored on the web server. The certificate must be signed by **trusted certificate authority**. The (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) server uses the certificate digitally signed by **TERENA** authority.
125 +Pro zabezpečenou komunikaci je vyžadován certifikát uložený na webovém serveru. Certifikát musí být podepsán důvěryhodnou certifikační autoritou. Server Clindata používá certifikát, který je digitálně podepsán autoritou TERENA.
184 184  
185 -(% style="" %)
186 -**~ **
127 += {{id name="04.Technickéinformace-06.Autenzizaceaautorizace"/}}06. Autenzizace a autorizace =
187 187  
188 -(% style="" %)
189 -= {{id name="04.Technickéinformace-06.Authenticationandauthorization"/}}06. Authentication and authorization =
129 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Správauživatelů"/}}Správa uživatelů ===
190 190  
191 -(% style="" %)
192 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Usersadministration"/}}Users administration ===
131 +Všichni uživatelé používající aplikaci Clindata musí být registrováni před přihlášením. Není možné získat neoprávněný přístup k serveru ani pro demonstrační účely. Existuje specializovaná aplikace pro správu uživatelů - nástroj IMTM Admin.
193 193  
194 -(% style="" %)
195 -All user using the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) application must be registered before they can log in. There is no possibility to get unauthorized access to the server even for some demonstration purposes. There is a specialized application for user management - IMTM Admin tool.
133 +Nástroj Admin je zodpovědný za:
196 196  
197 -(% style="" %)
198 -The **Admin tool** is responsible for:
135 +* Správu institucí, společností, nemocnic a jejich oddělení. Může existovat neomezený počet úrovní organizací, například univerzita může mít strukturu univerzita-fakulta-oddělení-laboratoř. Každá úroveň organizace může získat odlišnou sadu oprávnění a rolí. Správa uživatelů. Každý uživatel je identifikován e-mailovou adresou jako přihlašovacím jménem a heslem.
136 +* Uživatelé jsou přiřazeni ke svým organizacím. Uživatelé mohou pracovat na více projektech s různými rolemi. To je umožněno pomocí uživatelských profilů. Počet profilů pro jednoho uživatele není omezen. Každý profil může mít odlišnou sadu oprávnění a rolí.
137 +* Správa rolí a profilů.
199 199  
200 -(% style="" %)
201 -* Management of **institutions, companies, hospitals** and their departments. There can be unlimited number of organization levels, for example a university can have such structure university-faculty-department-laboratory. Each organization level can obtain different set of privileges and roles.
202 -* Management of **users**. Every user is identified by email address as login and password. Users are assigned to their organizations. Users can work on more projects with different roles. It is allowed by** user profiles**. Number of profiles for a user is not limited. Each profile can have different set of **privileges and roles**.
203 -* Management **roles and profiles**.
139 +Databáze Admin s uživatelskými údaji je uložena v Oracle databázi jako samostatné schéma. Přístup k tomuto schématu je omezen pouze pro správce. Server s Oracle databází je oddělen firewallem od veřejné sítě a není přístupný z internetu.
204 204  
205 -(% style="" %)
206 -The Admin database with user's data is stored in the Oracle database as separated schema. Access to this schema is restricted only for admin users. The server with the Oracle database is firewalled out of public network and not accessible from Internet.
141 +Nový účet uživatele může být vytvořen pouze administrátorem. Uživatel nemá možnost vytvořit si účet sám.
207 207  
208 -(% style="" %)
209 -An account for new user can be created **only by administrator**. There is no way that user could create his account on its own.
143 +Následující kroky musí být dodrženy při vytváření nového účtu:
210 210  
211 -(% style="" %)
212 -These steps must be followed to **create new account**:
145 +* Nový uživatel požádá vlastníka projektu o vytvoření nového účtu.
146 +* Vlastník projektu požádá administrátora o vytvoření nového účtu s určenými oprávněními a rolími.
147 +* Administrátor vytvoří nový účet a nastaví požadovaná oprávnění a role.
148 +* Vlastník projektu zkontroluje nastavení účtu a schválí ho.
149 +* Nový uživatel obdrží přihlašovací údaje a může se přihlásit.
213 213  
214 -(% style="" %)
215 -* New user asks a project owner to create new account
216 -* The project owner asks administrator to create new account with specified privileges and roles
217 -* The administrator creates new account and sets required privileges and roles
218 -* The project owner checks account setting and approve it.
219 -* New user receives his credentials and can log in.
151 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Centrálníautentizačníslužba(CAS)"/}}Centrální autentizační služba (CAS) ===
220 220  
221 -(% style="" %)
222 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Centralauthenticationservice(CAS)"/}}Central authentication service (CAS) ===
153 +Aplikace Clindata musí být propojena s daty z IMTM Admin k ovládání účtů, rolí a oprávnění. To se provádí integrací technologie CAS do softwaru ClinData. Technologie CAS se skládá z CAS serveru a CAS klienta. CAS server je zodpovědný za ověřování uživatelů a poskytování přístupu k aplikacím. CAS klienti chrání aplikace CAS a získávají identitu povolených uživatelů ze serveru CAS.
223 223  
224 -(% style="" %)
225 -The (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) application must be connected with data from the IMTM Admin to control accounts, roles and privileges. It is done by integrating of the CAS technology into the ClinData software. The CAS technology consists of CAS Server and CAS Client.
155 += {{id name="04.Technickéinformace-07.Roleaoprávnění"/}}07. Role a oprávnění =
226 226  
227 -(% style="" %)
228 -The CAS server is responsible for authenticating users and granting accesses to applications. The CAS clients protect the CAS applications and retrieve the identity of the granted users from the CAS server.
157 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Omezenípřístupu"/}}Omezení přístupu ===
229 229  
230 -(% style="" %)
231 -= {{id name="04.Technickéinformace-07.PrivilegesandRoles"/}}07. Privileges and Roles =
159 +Přístup uživatele může být omezen ve dvou různých oblastech:
232 232  
233 -(% style="" %)
234 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Accessrestrictions"/}}**Access restrictions** ===
161 +* omezení přístupu k funkcionalitě ClinData
162 +* omezení přístupu k datům uloženým v softwaru ClinData
235 235  
236 -(% style="" %)
237 -A user access can be restricted in two different areas:
164 +Veškerá omezení jsou nastavena v nástroji IMTM Admin.
238 238  
239 -(% style="" %)
240 -* restriction in **access to** ClinData **functionality**
241 -* restriction in **access to data** stored in the ClinData software
166 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Omezenífunkcí"/}}Omezení funkcí ===
242 242  
243 -(% style="" %)
244 -All restriction is set in the **IMTM Admin tool**.
168 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Oprávnění"/}}Oprávnění ===
245 245  
246 -(% style="" %)
247 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Functionalityrestrictions"/}}Functionality restrictions ===
170 +Oprávnění k přístupu určují, ke kterým objektům v ClinData může uživatel prohlížet nebo je upravovat. Každá funkcionalita v softwaru ClinData je odrážena v odpovídajícím oprávnění, takže přístup ke všem funkcím je kontrolován. Každý uživatel nebo skupina uživatelů může mít přístup k přiděleným nebo omezeným oprávněním.
248 248  
249 -(% style="" %)
250 -**Privileges**
172 +Na obrázku je zobrazeno schéma oprávnění v softwaru ClinData.
251 251  
252 -(% style="" %)
253 -Access privileges determine which (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) objects a user can browse or edit. Each functionality in the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software is reflected in corresponding privilege so the access to everything is controlled. Any user or group of users can have access to any privilege granted or restricted.
174 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Role"/}}Role ===
254 254  
255 -(% style="" %)
256 -The picture shows schema of privileges in the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software.
176 +Role jsou virtuální entity, které slouží jako kontejnery pro více oprávnění.
257 257  
258 -(% style="" %)
259 -**Roles**
178 +Existují předdefinované role a uživatelé nebo skupiny uživatelů mohou být jim přiřazeny. Nejčastěji používané role jsou:
260 260  
261 -(% style="" %)
262 -Roles are virtual entities which serve as container for more privileges.
180 +* admin systému ClinData - plný přístup ke všem funkcím v ClinData, žádná omezení, vytváření nových projektů
181 +* projekt admin systému ClinData - plný přístup ke všem funkcím ve vybraném projektu včetně tvorby studií
182 +* manažer dat projektu ClinData - přístup ke všem funkcím potřebným pro vkládání nebo aktualizaci dat pacienta
183 +* monitor dat projektu ClinData - přístup ke všem funkcím potřebným pro sledování studie, validaci a dokončení CRFs (formuláře pro sběr dat)
184 +* prohlížeč dat projektu ClinData - pouze čtení vybraných dat
263 263  
264 -(% style="" %)
265 -There are predefined roles and users, or groups of users can be assigned to them. The most frequently used roles are:
186 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Omezenídat"/}}Omezení dat ===
266 266  
267 -(% style="" %)
268 -* ClinData system admin - full access to all functions in ClinData, no restrictions, creating new project
269 -* ClinData project admin - full access to all function in selected project including study designer
270 -* ClinData project data manager - access to all functions needed to insert new/update patient’s data.
271 -* ClinData project data monitor - access to all functions needed for study monitoring, validation and finishing CRFs.
272 -* ClinData project data browser - read only access to selected data.
188 +Výchozí nastavení pro přístup k datům v softwaru ClinData je maximálně omezené. Uživatel vidí pouze data, která sám vložil. Výchozí nastavení neumožňuje vidět žádná data vložená jiným uživatelem. Přístup k ostatním datům musí být explicitně povolen.
273 273  
274 -(% style="" %)
275 -\\
190 +Tato nastavení lze upravit:
276 276  
277 -(% style="" %)
278 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Datarestrictions"/}}Data restrictions ===
192 +* uživatel vidí pouze svá data
193 +* uživatel vidí data vložená jiným uživatelem nebo skupinou uživatelů
194 +* uživatel vidí data spojená s organizací
195 +* uživatel vidí všechna data ve studii
279 279  
280 -(% style="" %)
281 -Default setting for accessing of data in the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software is maximally restricted. A user can see only data he inserted himself. By default, he doesn't see any data inserted by any other user. Access to any other data must be explicitly permitted.
197 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Osobníúdaje"/}}Osobní údaje ===
282 282  
283 -(% style="" %)
284 -These options can be set:
199 +Studie nebo registry mohou obsahovat osobní údaje. Přístup k těmto údajům může být omezen pomocí speciálního oprávnění.
285 285  
286 -(% style="" %)
287 -* user can see only his data
288 -* user can see data inserted by other user or group of users
289 -* user can see data linked with an organization
290 -* user can see all data in a study
201 +Tato nastavení lze upravit:
291 291  
292 -(% style="" %)
293 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Personaldata"/}}Personal data ===
203 +* uživatel vidí osobní údaje
204 +* uživatel nevidí osobní údaje
294 294  
295 -(% style="" %)
296 -There can be studies or registers which contain personal data. Access to this data can be restricted by special privilege.
206 += {{id name="04.Technickéinformace-8.Logování"/}}8. Logování =
297 297  
298 -(% style="" %)
299 -These options can be set:
208 +Systém ClinData zaznamenává všechny události, které se v systému odehrávají. Administrátor může tyto záznamy procházet v uživatelsky přívětivé formě a analyzovat potenciální problémy, sledovat aktivity uživatelů atd.
300 300  
301 -(% style="" %)
302 -* user can see personal data
303 -* user can't see personal data
210 +Existují tři různé typy mechanismů pro zaznamenávání událostí:
304 304  
305 -(% style="" %)
306 -\\
307 -
308 -(% style="" %)
309 -= {{id name="04.Technickéinformace-8.Logging"/}}8. Logging =
310 -
311 -(% style="" %)
312 -The ClinData software **records everything** happening in the system. Admin user can browse these records in user friendly way and analyze potential problems, watch user activities etc.
313 -
314 -(% style="" %)
315 -There are three different types of logging mechanisms:
316 -
317 -(% style="" %)
318 -* **Software logging** is done on programming language level and is very detailed. The log files contain data about internal state of the whole system in time of logging event. This approach is designed for detailed analyses of problems which happened in past.
319 -* **Access logging** is designed for controlling of user’s activities. The access record contains data about who did an action and when. It logs all actions done on all objects in the system. Object can be study, patient, CRF form, file. These actions are logged:
320 -** create
321 -** open
322 -** change
323 -** add
324 -** remove
325 -** delete
212 +* Záznamy softwaru se provádějí na úrovni programovacího jazyka a jsou velmi podrobné. Soubory se záznamy obsahují údaje o vnitřním stavu celého systému v době události. Tento přístup slouží pro podrobnou analýzu problémů, které se v minulosti vyskytly.
213 +* Záznamy přístupu jsou určeny k řízení činnosti uživatelů. Záznam o přístupu obsahuje údaje o tom, kdo provedl akci a kdy. Zaznamenává veškeré akce provedené na objektech v systému. Objektem může být studie, pacient, formulář CRF, soubor. Zaznamenávají se následující akce:
214 +** vytvoření
215 +** otevření
216 +** změna
217 +** přidání
218 +** odebrání
219 +** smazání
326 326  ** export
327 -* **Auditing** is focused to changes done in CRF forms. It records complete history of what was changed by users. One record contains data about:
328 -** when the change was done
329 -** who changed the data
330 -** what was changed
331 -** what is the new value
221 +* Audit je zaměřený na změny provedené ve formulářích CRF. Zaznamenává kompletní historii toho, co bylo uživateli změněno. Jeden záznam obsahuje údaje o:
222 +** kdy byla změna provedena
223 +** kdo změnil data
224 +** co bylo změněno
225 +** jaká je nová hodnota
332 332  
333 -(% style="" %)
334 -The important information is that the ClinData software** doesn't delete any record**. Every record in the database has system **flag ACTIVE**. Deleting of the row just sets this **ACTIVE** flag to **false**. The inactive rows are not displayed in the ClinData software but are still stored in the database.
227 +Důležitou informací je, že systém ClinData neodstraňuje žádné záznamy. Každý záznam v databázi má systémový příznak AKTIVNÍ. Smazání řádku pouze nastaví tento příznak AKTIVNÍ na hodnotu false. Neaktivní řádky se nezobrazují ve softwaru ClinData, ale stále jsou uloženy v databázi.
335 335  
336 -(% style="" %)
337 -**~ **
229 += {{id name="04.Technickéinformace-9.Vývojsoftwaru"/}}9. Vývoj softwaru =
338 338  
339 -(% style="" %)
340 -= {{id name="04.Technickéinformace-9.Softwaredevelopment"/}}9. Software development =
231 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Sledováníproblémů"/}}Sledování problémů ===
341 341  
342 -(% style="" %)
343 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Issuetracking"/}}Issue tracking ===
233 +Jakýkoli problém nalezený ve softwaru ClinData je zdokumentován a vytvořen jako nový problém v softwaru JIRA. JIRA software je vyvíjen společností Atlassian a slouží jako nástroj pro sledování problémů. Nový problém je analyzován a je mu přiřazena priorita. Seznam problémů je řazen podle priorit a zpracováván vývojáři. Pokud je závažný problém opraven, je publikován ve nové verzi softwaru ClinData. Problém je také uzavřen jako vyřešený v JIRA.
344 344  
345 -(% style="" %)
346 -Any problem found in the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software is documented and created as a **new issue in JIRA software**. JIRA software is developed by Atlassian and is an issue tracking tool. The new issue is analyzed, and priority is assigned.  The list of issues is sorted by priorities and processed by developers. When a serious problem is fixed then it is published in new version of the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software. The issue is also closed as done in JIRA.
235 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Správazměn"/}}Správa změn ===
347 347  
348 -(% style="" %)
349 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Changesmanagement"/}}Changes management ===
237 +Všechny požadavky na změny plánované ve softwaru ClinData jsou uloženy v JIRA. Když přichází nový požadavek, je analyzován, provedena časová odhad a přiřazena priorita. Seznam problémů je řazen podle priorit a zpracováván vývojáři.
350 350  
351 -(% style="" %)
352 -All requests for changes planned in the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software are stored in JIRA. When a new request is coming then it is analyzed, time estimation is done, and priority assigned. The list of issues is sorted by priorities and processed by developers.
239 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Verzování"/}}Verzování ===
353 353  
354 -(% style="" %)
355 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Versioning"/}}Versioning ===
241 +Zdrojový kód softwaru ClinData je uložen v repozitáři GIT, který umožňuje sledování změn v souborech. Je možné procházet historii libovolného souboru se zdrojovým kódem v repozitáři. Každá změna je také zdokumentována, aby bylo snadné pochopit vývojový cyklus.
356 356  
357 -(% style="" %)
358 -The source code of the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software is stored in** GIT repository** which allows tracking of changes in files. There is possibility to browse history of any source code file in the repository. Every change is also documented so it is easy to understand the development cycle.
243 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Revizekódu"/}}Revize kódu ===
359 359  
360 -(% style="" %)
361 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Codereview"/}}Code review ===
245 +Jakákoliv změna provedená ve zdrojovém kódu softwaru ClinData musí být zkontrolována jiným vývojářem. Tento proces se nazývá revize kódu. Tento proces minimalizuje počet chyb ve zdrojovém kódu, protože vše je dvojnásobně zkontrolováno. Pro revize kódu se používá software Bitbucket (vyvinutý společností Atlassian). Tento software brání vývojářům v používání neprokázaného kódu ve veřejných verzích softwaru ClinData.
362 362  
363 -(% style="" %)
364 -Any change done in source code of the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software must be **reviewed** by another developer. This process is called **code review**. This process minimizes number of bugs in source code because everything is double checked. **Bitbucket software** (developed by Atlassian) is used for code reviews. It prevents developers from using not proven code in public versions of the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software.
247 += {{id name="04.Technickéinformace-10.Zajišteníkvality"/}}10. Zajištení kvality =
365 365  
366 -(% style="" %)
367 -**~ **
249 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Testovacíprostředí"/}}Testovací prostředí ===
368 368  
369 -(% style="" %)
370 -= {{id name="04.Technickéinformace-10.Qualityassurance"/}}10. Quality assurance =
251 +Všechny nové verze softwaru ClinData musí být otestovány a ověřeny jako funkční a správné před jejich zveřejněním. Existuje zvláštní prostředí, které se používá k testování nové verze před jejím zveřejněním. Testovací prostředí musí být podobné produkčnímu prostředí, aby se předešlo problémům s konfigurací.
371 371  
372 -(% style="" %)
373 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Testingenvironment"/}}Testing environment ===
253 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Unittestování"/}}Unit testování ===
374 374  
375 -(% style="" %)
376 -All new versions of the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software must be tested and proven as functional and correct before they are published. There is a special environment which is used form testing of the new version before it is published. The testing environment must be similar to production environment to avoid configuration issues.
255 +Unit testování je metoda testování softwaru, při které jsou testovány jednotlivé části zdrojového kódu, aby se zjistilo, zda jsou vhodné k použití. Ve zdrojovém kódu softwaru ClinData existuje více než tisíc unit testů. Všechny kritické části zdrojového kódu jsou pokryty unit testem téměř na 100 %. Celkový zdrojový kód je pokryt unit testem více než 85 %. Jakýkoli problém v unit testování je blokující pro zveřejnění verze softwaru.
377 377  
378 -(% style="" %)
379 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Unittesting"/}}Unit testing ===
257 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Testováníaplikace"/}}Testování aplikace ===
380 380  
381 -(% style="" %)
382 -Unit testing is a software testing method by which individual units of source code are tested to determine whether they are fit for use. There are actually more than one thousand-unit tests in the source code of the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software. All critical parts of the source code are covered by unit test close to 100%. Overall source code is covered by unit test by more than 85%. Any problem in unit testing is blocker for publishing of the version of the software.
259 +Celá aplikace je testována prostřednictvím průzkumného testování aplikace před jejím zveřejněním. Testování aplikace se provádí v testovacím prostředí. Jakýkoli problém při testování aplikace je blokující pro zveřejnění verze.
383 383  
384 -(% style="" %)
385 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Applicationtesting"/}}Application testing ===
261 +=== {{id name="04.Technickéinformace-Zveřejnění"/}}Zveřejnění ===
386 386  
387 -(% style="" %)
388 -The whole application is tested by application exploratory testing before it is published. The application testing is done in testing environment. Any problem in application testing is blocker for publishing of the version.
389 -
390 -(% style="" %)
391 -=== {{id name="04.Technickéinformace-Publishing"/}}Publishing ===
392 -
393 -(% style="" %)
394 -Publishing process means that a new version of the (% style="color: rgb(23,43,77);text-decoration: none;" %)Clindata(%%) software is being released and made accessible for users. The Bamboo software (developed by Atlassian) is used for building and publishing new versions. Unit testing is also involved in publishing of the new version. In case of any problem in any unit test the whole publishing, process is interrupted, and an notification email is sent to responsible persons.
263 +Proces zveřejnění znamená, že nová verze softwaru ClinData je uvolněna a zpřístupněna uživatelům. Pro sestavení a zveřejnění nových verzí se používá software Bamboo (vyvinutý společností Atlassian). Jednotkové testování je také součástí procesu zveřejnění nové verze. V případě jakéhokoli problému v jednotkovém testování je celý proces zveřejnění přerušen a zodpovědným osobám je zasláno oznámení emailem.
Confluence.Code.ConfluencePageClass[0]
Id
... ... @@ -1,1 +1,1 @@
1 -58786201
1 +153059350
Title
... ... @@ -1,1 +1,1 @@
1 -Technické informace a validace systému
1 +04. Technické informace