Skip to Content

Changes for page 04. Technické informace

Last modified by Branislav ŠIŠKA on 2024/09/12 19:22
From version 10.1
edited by Branislav ŠIŠKA
on 2024/09/12 19:18
Change comment: There is no comment for this version
To version 6.1
edited by Branislav ŠIŠKA
on 2023/06/06 14:38
Change comment: There is no comment for this version

Summary

Details

Page properties
Content
... ... @@ -1,22 +1,32 @@
1 1  = {{id name="04.Technickéinformace-1.Hardware"/}}1. Hardware =
2 2  
3 -Software Clindata běží na serverech umístěných v Institutu molekulární a translační medicíny (IMTM), Lékařské a stomatologické fakulty, Univerzity Palackého v Olomouci. Zařízení je zabezpečeno a pod dohledem globálního sledování.
3 +(% style="" %)
4 +Software Clindata běží na počítačovém clusteru umístěném v Institutu molekulární a translační medicíny (IMTM), Lékařské a stomatologické fakulty, Univerzity Palackého v Olomouci. Zařízení je zabezpečeno a pod dohledem globálního sledování.
4 4  
6 +(% style="" %)
5 5  === {{id name="04.Technickéinformace-Popishardwaru"/}}**Popis hardwaru** ===
6 6  
7 -**Server zapojený ve virtualizaci proxmox**
9 +**Servery**
8 8  
9 -Paměť: 48 GB
11 +HPE DL385 Gen10 CTO Mod-X 8SFF Svr
10 10  
11 -Procesory: 8 jader
13 +8x HPE 16GB 2Rx8 PC4-2933Y-R
12 12  
15 +2x HPE DL385 Gen10 AMD EPYC 7302
16 +
17 +2x HPE 240GB SATA RI SFF SC DS SSD
18 +
13 13  (% style="color: rgb(55,65,81);" %)**Datová úložiště**
14 14  
21 +HP 3PAR data storage 700TB.
22 +
23 +HP EML tape library
24 +
15 15  (% style="color: rgb(55,65,81);" %)Objektové úložiště
16 16  
17 17  **Firewall**
18 18  
19 -FortiGate 600E
29 +HP F1000-S-EI VPN Firewall
20 20  
21 21  **~ **
22 22  
... ... @@ -35,8 +35,10 @@
35 35  
36 36  (% style="color: rgb(55,65,81);" %)(Aktuální znamená poslední dostupná verze daného prohlížeče)
37 37  
48 +(% style="" %)
38 38  === {{id name="04.Technickéinformace-Programovacíjazyk"/}}Programovací jazyk ===
39 39  
51 +(% style="" %)
40 40  Hlavním programovacím jazykem používaným pro vývoj aplikace Clindata je Java 8. Další technologie používané při vývoji jsou:
41 41  
42 42  * Spring Framework v5.
... ... @@ -50,16 +50,22 @@
50 50  * SQL
51 51  * Oracle database
52 52  
65 +(% style="" %)
53 53  === {{id name="04.Technickéinformace-Operačnísystém"/}}Operační systém ===
54 54  
55 -Operační systém nainstalovaný na produkčních serverech je RedHat Enterprise Linux 9.4.
68 +(% style="" %)
69 +Operační systém nainstalovaný na produkčních serverech je RedHat Enterprise Linux 7.4.
56 56  
71 +(% style="" %)
57 57  === {{id name="04.Technickéinformace-Proxyserver"/}}Proxy server ===
58 58  
74 +(% style="" %)
59 59  Jako brána z vnějšího světa do vnitřní aplikace běžící na produkčním serveru se používá Apache HTTP Server.
60 60  
77 +(% style="" %)
61 61  === {{id name="04.Technickéinformace-Aplikačníserver"/}}Aplikační server ===
62 62  
80 +(% style="" %)
63 63  Aplikace ClinData běží na Apache Tomcat, což je open-source Java Servlet Container vyvíjený nadací Apache Software Foundation.
64 64  
65 65  **~ **
... ... @@ -68,21 +68,23 @@
68 68  
69 69  === {{id name="04.Technickéinformace-DatabázeClindata"/}}Databáze Clindata ===
70 70  
89 +(% style="" %)
71 71  Databáze používaná pro ukládání dat ze softwaru Clindata je Oracle Database (obvykle označovaná jako Oracle RDBMS), kterou vyvíjí společnost Oracle Corporation. Verze databáze je 12.1. Standard Edition.
72 72  
92 +(% style="" %)
73 73  Oracle databáze běží na odděleném serveru založeném na Linuxu, který je chráněn firewallem před vnější sítí (Internetem). Tento databázový server není přístupný zvenčí organizace, ale pouze ze zapsaných vnitřních serverů (aplikační a záložní servery).
74 74  
75 75  = {{id name="04.Technickéinformace-4.Zálohy"/}}4. Zálohy =
76 76  
97 +(% style="" %)
77 77  Existují více úrovní archivace dat, které zajišťují bezpečnost dat a rychlé obnovení databáze. Data jsou archivována na úrovni databáze a operačního systému.
78 78  
79 79  1. Zálohy na úrovni databáze
80 80  Nástroj **RMAN** je nedílnou součástí Oracle databáze. Vytváří binární kopii celé databáze a ukládá ji do souborového systému. Nástroj RMAN je spuštěn každý týden. Soubory jsou uloženy interně na serveru databáze a jsou zkopírovány na dvě nezávislá záložní místa.
81 -**EXPDP/IMPDP** je datová pumpa, která exportuje data do textových záloh. Nástroj EXPDP je spuštěn každých 24 hodin. Cílem zálohování je stejné jako u RMAN. Data jsou uložena na dvou nezávislých záložních místech.
102 +**EXPDP/IMPDP** je datová pumpa, která exportuje data do textových záloh. Nástroj EXPDP je spuštěn každé 4 hodiny. Cílem zálohování je stejné jako u RMAN. Data jsou uložena na dvou nezávislých záložních místech.
82 82  **Redo Logy** jsou každý den archivovány do souborového systému.
83 83  1. Zálohy na úrovni operačního systému
84 -Aplikační server je zálohován na úrovni operačního systému pravidelně ve virtualizaci **Proxmox**.
85 -\\
105 +**IBM Tivoli Storage Manager** (TSM Admin) je firemní řešení od společnosti IBM pro zálohy a obnovu fyzických nebo virtuálních serverů. Záloha vytvořená pomocí TSM Admin zahrnuje redo logy, RMAN a EXPDP exporty. Spouští se každý den a záložní data jsou uložena na diskovém poli.
86 86  
87 87  RMAN konfigurační soubor
88 88  
... ... @@ -115,14 +115,19 @@
115 115  
116 116  === {{id name="04.Technickéinformace-Zabezpečenépřipojení"/}}Zabezpečené připojení ===
117 117  
138 +(% style="" %)
118 118  Jelikož aplikace Clindata je webová aplikace, je nezbytné zajistit zabezpečenou komunikaci mezi serverem a klientovým počítačem. To je dosaženo pomocí komunikačního protokolu HTTPS, který je šifrován pomocí protokolu Transport Layer Security (TLS). Tento protokol je široce používán pro veškeré bezpečné transakce na internetu (platby, e-maily atd.) a je považován za bezpečný a nedekódovatelný. Chrání proti útokům prostředníka. Komunikace bez bezpečnostní vrstvy (HTTP) může být narušena útočníky, kteří ji mohou odposlouchávat nebo měnit.
119 119  
141 +(% style="" %)
120 120  === {{id name="04.Technickéinformace-Přesměrovánízabezpečení"/}}Přesměrování zabezpečení ===
121 121  
144 +(% style="" %)
122 122  Všechny požadavky uživatele přicházející prostřednictvím nezabezpečeného protokolu HTTP jsou automaticky přesměrovány na zabezpečený protokol HTTPS. Veškerá komunikace mezi klientem a serverem je zabezpečena a není možné se připojit k softwaru Clindata prostřednictvím nezabezpečeného spojení.
123 123  
147 +(% style="" %)
124 124  === {{id name="04.Technickéinformace-Certifikát"/}}Certifikát ===
125 125  
150 +(% style="" %)
126 126  Pro zabezpečenou komunikaci je vyžadován certifikát uložený na webovém serveru. Certifikát musí být podepsán důvěryhodnou certifikační autoritou. Server Clindata používá certifikát, který je digitálně podepsán autoritou TERENA.
127 127  
128 128  = {{id name="04.Technickéinformace-06.Autenzizaceaautorizace"/}}06. Autenzizace a autorizace =
... ... @@ -129,8 +129,10 @@
129 129  
130 130  === {{id name="04.Technickéinformace-Správauživatelů"/}}Správa uživatelů ===
131 131  
157 +(% style="" %)
132 132  Všichni uživatelé používající aplikaci Clindata musí být registrováni před přihlášením. Není možné získat neoprávněný přístup k serveru ani pro demonstrační účely. Existuje specializovaná aplikace pro správu uživatelů - nástroj IMTM Admin.
133 133  
160 +(% style="" %)
134 134  Nástroj Admin je zodpovědný za:
135 135  
136 136  * Správu institucí, společností, nemocnic a jejich oddělení. Může existovat neomezený počet úrovní organizací, například univerzita může mít strukturu univerzita-fakulta-oddělení-laboratoř. Každá úroveň organizace může získat odlišnou sadu oprávnění a rolí. Správa uživatelů. Každý uživatel je identifikován e-mailovou adresou jako přihlašovacím jménem a heslem.
... ... @@ -137,10 +137,13 @@
137 137  * Uživatelé jsou přiřazeni ke svým organizacím. Uživatelé mohou pracovat na více projektech s různými rolemi. To je umožněno pomocí uživatelských profilů. Počet profilů pro jednoho uživatele není omezen. Každý profil může mít odlišnou sadu oprávnění a rolí.
138 138  * Správa rolí a profilů.
139 139  
167 +(% style="" %)
140 140  Databáze Admin s uživatelskými údaji je uložena v Oracle databázi jako samostatné schéma. Přístup k tomuto schématu je omezen pouze pro správce. Server s Oracle databází je oddělen firewallem od veřejné sítě a není přístupný z internetu.
141 141  
170 +(% style="" %)
142 142  Nový účet uživatele může být vytvořen pouze administrátorem. Uživatel nemá možnost vytvořit si účet sám.
143 143  
173 +(% style="" %)
144 144  Následující kroky musí být dodrženy při vytváření nového účtu:
145 145  
146 146  * Nový uživatel požádá vlastníka projektu o vytvoření nového účtu.
... ... @@ -149,33 +149,45 @@
149 149  * Vlastník projektu zkontroluje nastavení účtu a schválí ho.
150 150  * Nový uživatel obdrží přihlašovací údaje a může se přihlásit.
151 151  
182 +(% style="" %)
152 152  === {{id name="04.Technickéinformace-Centrálníautentizačníslužba(CAS)"/}}Centrální autentizační služba (CAS) ===
153 153  
185 +(% style="" %)
154 154  Aplikace Clindata musí být propojena s daty z IMTM Admin k ovládání účtů, rolí a oprávnění. To se provádí integrací technologie CAS do softwaru ClinData. Technologie CAS se skládá z CAS serveru a CAS klienta. CAS server je zodpovědný za ověřování uživatelů a poskytování přístupu k aplikacím. CAS klienti chrání aplikace CAS a získávají identitu povolených uživatelů ze serveru CAS.
155 155  
156 156  = {{id name="04.Technickéinformace-07.Roleaoprávnění"/}}07. Role a oprávnění =
157 157  
190 +(% style="" %)
158 158  === {{id name="04.Technickéinformace-Omezenípřístupu"/}}Omezení přístupu ===
159 159  
193 +(% style="" %)
160 160  Přístup uživatele může být omezen ve dvou různých oblastech:
161 161  
162 162  * omezení přístupu k funkcionalitě ClinData
163 163  * omezení přístupu k datům uloženým v softwaru ClinData
164 164  
199 +(% style="" %)
165 165  Veškerá omezení jsou nastavena v nástroji IMTM Admin.
166 166  
202 +(% style="" %)
167 167  === {{id name="04.Technickéinformace-Omezenífunkcí"/}}Omezení funkcí ===
168 168  
205 +(% style="" %)
169 169  === {{id name="04.Technickéinformace-Oprávnění"/}}Oprávnění ===
170 170  
208 +(% style="" %)
171 171  Oprávnění k přístupu určují, ke kterým objektům v ClinData může uživatel prohlížet nebo je upravovat. Každá funkcionalita v softwaru ClinData je odrážena v odpovídajícím oprávnění, takže přístup ke všem funkcím je kontrolován. Každý uživatel nebo skupina uživatelů může mít přístup k přiděleným nebo omezeným oprávněním.
172 172  
211 +(% style="" %)
173 173  Na obrázku je zobrazeno schéma oprávnění v softwaru ClinData.
174 174  
214 +(% style="" %)
175 175  === {{id name="04.Technickéinformace-Role"/}}Role ===
176 176  
217 +(% style="" %)
177 177  Role jsou virtuální entity, které slouží jako kontejnery pro více oprávnění.
178 178  
220 +(% style="" %)
179 179  Existují předdefinované role a uživatelé nebo skupiny uživatelů mohou být jim přiřazeny. Nejčastěji používané role jsou:
180 180  
181 181  * admin systému ClinData - plný přístup ke všem funkcím v ClinData, žádná omezení, vytváření nových projektů
... ... @@ -184,10 +184,13 @@
184 184  * monitor dat projektu ClinData - přístup ke všem funkcím potřebným pro sledování studie, validaci a dokončení CRFs (formuláře pro sběr dat)
185 185  * prohlížeč dat projektu ClinData - pouze čtení vybraných dat
186 186  
229 +(% style="" %)
187 187  === {{id name="04.Technickéinformace-Omezenídat"/}}Omezení dat ===
188 188  
232 +(% style="" %)
189 189  Výchozí nastavení pro přístup k datům v softwaru ClinData je maximálně omezené. Uživatel vidí pouze data, která sám vložil. Výchozí nastavení neumožňuje vidět žádná data vložená jiným uživatelem. Přístup k ostatním datům musí být explicitně povolen.
190 190  
235 +(% style="" %)
191 191  Tato nastavení lze upravit:
192 192  
193 193  * uživatel vidí pouze svá data
... ... @@ -197,8 +197,10 @@
197 197  
198 198  === {{id name="04.Technickéinformace-Osobníúdaje"/}}Osobní údaje ===
199 199  
245 +(% style="" %)
200 200  Studie nebo registry mohou obsahovat osobní údaje. Přístup k těmto údajům může být omezen pomocí speciálního oprávnění.
201 201  
248 +(% style="" %)
202 202  Tato nastavení lze upravit:
203 203  
204 204  * uživatel vidí osobní údaje
... ... @@ -206,8 +206,10 @@
206 206  
207 207  = {{id name="04.Technickéinformace-8.Logování"/}}8. Logování =
208 208  
256 +(% style="" %)
209 209  Systém ClinData zaznamenává všechny události, které se v systému odehrávají. Administrátor může tyto záznamy procházet v uživatelsky přívětivé formě a analyzovat potenciální problémy, sledovat aktivity uživatelů atd.
210 210  
259 +(% style="" %)
211 211  Existují tři různé typy mechanismů pro zaznamenávání událostí:
212 212  
213 213  * Záznamy softwaru se provádějí na úrovni programovacího jazyka a jsou velmi podrobné. Soubory se záznamy obsahují údaje o vnitřním stavu celého systému v době události. Tento přístup slouží pro podrobnou analýzu problémů, které se v minulosti vyskytly.
... ... @@ -225,40 +225,57 @@
225 225  ** co bylo změněno
226 226  ** jaká je nová hodnota
227 227  
277 +(% style="" %)
228 228  Důležitou informací je, že systém ClinData neodstraňuje žádné záznamy. Každý záznam v databázi má systémový příznak AKTIVNÍ. Smazání řádku pouze nastaví tento příznak AKTIVNÍ na hodnotu false. Neaktivní řádky se nezobrazují ve softwaru ClinData, ale stále jsou uloženy v databázi.
229 229  
230 230  = {{id name="04.Technickéinformace-9.Vývojsoftwaru"/}}9. Vývoj softwaru =
231 231  
282 +(% style="" %)
232 232  === {{id name="04.Technickéinformace-Sledováníproblémů"/}}Sledování problémů ===
233 233  
285 +(% style="" %)
234 234  Jakýkoli problém nalezený ve softwaru ClinData je zdokumentován a vytvořen jako nový problém v softwaru JIRA. JIRA software je vyvíjen společností Atlassian a slouží jako nástroj pro sledování problémů. Nový problém je analyzován a je mu přiřazena priorita. Seznam problémů je řazen podle priorit a zpracováván vývojáři. Pokud je závažný problém opraven, je publikován ve nové verzi softwaru ClinData. Problém je také uzavřen jako vyřešený v JIRA.
235 235  
288 +(% style="" %)
236 236  === {{id name="04.Technickéinformace-Správazměn"/}}Správa změn ===
237 237  
291 +(% style="" %)
238 238  Všechny požadavky na změny plánované ve softwaru ClinData jsou uloženy v JIRA. Když přichází nový požadavek, je analyzován, provedena časová odhad a přiřazena priorita. Seznam problémů je řazen podle priorit a zpracováván vývojáři.
239 239  
294 +(% style="" %)
240 240  === {{id name="04.Technickéinformace-Verzování"/}}Verzování ===
241 241  
297 +(% style="" %)
242 242  Zdrojový kód softwaru ClinData je uložen v repozitáři GIT, který umožňuje sledování změn v souborech. Je možné procházet historii libovolného souboru se zdrojovým kódem v repozitáři. Každá změna je také zdokumentována, aby bylo snadné pochopit vývojový cyklus.
243 243  
300 +(% style="" %)
244 244  === {{id name="04.Technickéinformace-Revizekódu"/}}Revize kódu ===
245 245  
303 +(% style="" %)
246 246  Jakákoliv změna provedená ve zdrojovém kódu softwaru ClinData musí být zkontrolována jiným vývojářem. Tento proces se nazývá revize kódu. Tento proces minimalizuje počet chyb ve zdrojovém kódu, protože vše je dvojnásobně zkontrolováno. Pro revize kódu se používá software Bitbucket (vyvinutý společností Atlassian). Tento software brání vývojářům v používání neprokázaného kódu ve veřejných verzích softwaru ClinData.
247 247  
248 248  = {{id name="04.Technickéinformace-10.Zajišteníkvality"/}}10. Zajištení kvality =
249 249  
308 +(% style="" %)
250 250  === {{id name="04.Technickéinformace-Testovacíprostředí"/}}Testovací prostředí ===
251 251  
311 +(% style="" %)
252 252  Všechny nové verze softwaru ClinData musí být otestovány a ověřeny jako funkční a správné před jejich zveřejněním. Existuje zvláštní prostředí, které se používá k testování nové verze před jejím zveřejněním. Testovací prostředí musí být podobné produkčnímu prostředí, aby se předešlo problémům s konfigurací.
253 253  
314 +(% style="" %)
254 254  === {{id name="04.Technickéinformace-Unittestování"/}}Unit testování ===
255 255  
317 +(% style="" %)
256 256  Unit testování je metoda testování softwaru, při které jsou testovány jednotlivé části zdrojového kódu, aby se zjistilo, zda jsou vhodné k použití. Ve zdrojovém kódu softwaru ClinData existuje více než tisíc unit testů. Všechny kritické části zdrojového kódu jsou pokryty unit testem téměř na 100 %. Celkový zdrojový kód je pokryt unit testem více než 85 %. Jakýkoli problém v unit testování je blokující pro zveřejnění verze softwaru.
257 257  
320 +(% style="" %)
258 258  === {{id name="04.Technickéinformace-Testováníaplikace"/}}Testování aplikace ===
259 259  
323 +(% style="" %)
260 260  Celá aplikace je testována prostřednictvím průzkumného testování aplikace před jejím zveřejněním. Testování aplikace se provádí v testovacím prostředí. Jakýkoli problém při testování aplikace je blokující pro zveřejnění verze.
261 261  
326 +(% style="" %)
262 262  === {{id name="04.Technickéinformace-Zveřejnění"/}}Zveřejnění ===
263 263  
329 +(% style="" %)
264 264  Proces zveřejnění znamená, že nová verze softwaru ClinData je uvolněna a zpřístupněna uživatelům. Pro sestavení a zveřejnění nových verzí se používá software Bamboo (vyvinutý společností Atlassian). Jednotkové testování je také součástí procesu zveřejnění nové verze. V případě jakéhokoli problému v jednotkovém testování je celý proces zveřejnění přerušen a zodpovědným osobám je zasláno oznámení emailem.
Confluence.Code.ConfluencePageClass[0]
Id
... ... @@ -1,1 +1,1 @@
1 -153059355
1 +153059345